Wieś szlachecka, własność wojewody płockiego Piotra Potulickiego, około 1580 roku leżała w powiecie poznańskim województwa poznańskiego.
Przebędowo (wymieniane także jako Przebendowo, Przependowo) w 1388 było własnością Mikołaja Brzechwy, który później pisał się Przebędowskim.
Pod koniec XVIII w. wieś była w posiadaniu Władysława Gurowskiego herbu Wczele, w latach 1773–1775 w sejmie wyznaczono specjalną komisję, dotyczącą rozgraniczenia dóbr Gurowskiego z dobrami Gądkowskich.
Przy dworze zbudowanym w 1890 odkopano grobowisko, w którym znaleziono m.in. czarne naczynia z pokrywami i brązowy pierścionek – a naprzeciwko dworu cmentarzysko. Przebędowo pod koniec XIX w. wraz z folwarkiem Garganowo i Trojanowo (obszar dworski, dominium) liczyło 570 mieszkańców. We wsi była gorzelnia parowa, młyn wodny i cegielnia, specjalizowano się w hodowli bydła, owiec i koni.
We wsi znajduje się zespół dworski (1890–XX w.); nr rej.: 1693/A z 4.04.1975
